スパッタ蒸着の欠点をまとめると、次のようになります：
1) 蒸着速度が低い： 1) 低蒸着速度：スパッタリング速度は、熱蒸発法などの他の蒸着法に比べて一般的に低い。これは、所望の膜厚を成膜するのに時間がかかることを意味する。
2) 蒸着の不均一性： 多くの構成では、成膜フラックス分布が不均一であるため、基板全体で膜厚が異なる可能性がある。このため、均一な膜厚の膜を得るためには、移動する固定具が必要となる。
3) 高価なターゲットと不十分な材料使用： スパッタリングターゲットは高価であることが多く、材料の使用効率が悪い場合がある。そのため、コスト高や資源の浪費につながる可能性がある。
4) 熱の発生と除去： スパッタリング中にターゲットに入射するエネルギーの大半は熱となるため、これを効果的に除去する必要がある。これは困難であり、冷却システムの使用が必要となる場合がある。
5) 汚染： 場合によっては、ガス状の汚染物質がスパッタリング中のプラズマ中で「活性化」し、膜の汚染につながることがある。これは真空蒸着よりも問題になることがある。
6) ガス組成の制御： 反応性スパッタ蒸着では、スパッタリングターゲットの被毒を防ぐため、ガス組成を注意深く制御する必要がある。このためプロセスが複雑になり、精密な制御が必要となる。
7) 膜厚制御： スパッタリングでは、膜厚の制限なしに高い蒸着速度を実現できる反面、膜厚を正確に制御することはできない。膜厚の制御は、主に操作パラメーターの固定と蒸着時間の調整によって行われる。
8) リフトオフ構造の難しさ： スパッタプロセスは、膜の構造化のためにリフトオフ技術と組み合わせることが難しくなることがある。スパッタリングの特徴である拡散輸送のため、原子の行き先を完全に制限することができず、汚染の問題につながる可能性がある。
9) 不純物混入： スパッタリングは、蒸着による成膜に比べ、基板に不純物を導入する傾向が強い。これは、スパッタリングは真空度が低いためである。
10) 有機固体の劣化： 有機固体のような一部の材料は、スパッタリング中のイオン衝撃によって容易に劣化する。このため、ある種の材料の蒸着にはスパッタリングの使用が制限される。
全体として、スパッタ蒸着には、より優れた膜の緻密化、膜特性の制御、大型ウェハーへの成膜能力などの利点がある一方で、成膜法を選択する際に考慮しなければならないいくつかの欠点もある。
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