イオンビームスパッタリング(IBS)の欠点は、主に、大面積均一成膜の達成における限界、装置の複雑さと運転コストの高さ、精密な膜構造化のためのプロセス統合の難しさにある。
1.限られたターゲット領域と低い蒸着速度：
イオンビームスパッタリングは、比較的小さなターゲット領域でのボンバードメントを特徴とする。この制限は成膜速度に直接影響し、他の成膜技術と比較して一般的に低い。ターゲット面積が小さいということは、表面が大きい場合、均一な膜厚を達成することが困難であることを意味する。デュアルイオンビームスパッタリングのような進歩があっても、ターゲット面積不足の問題は依然として残っており、不均一性と低い生産性につながっている。2.複雑さと高い運転コスト：
イオンビームスパッタリングに使用される装置は著しく複雑である。この複雑さは、システムのセットアップに必要な初期投資を増加させるだけでなく、運用コストの上昇にもつながる。複雑なセットアップとメンテナンスの必要性により、特に、より単純で費用対効果の高い成膜方法と比較した場合、IBSは多くの用途で経済的に実行可能な選択肢ではなくなる可能性がある。
3.精密な膜構造化のためのプロセス統合の難しさ：
IBSは、膜の構造化のためにリフトオフなどのプロセスを統合する際に課題に直面する。スパッタリングプロセスの拡散性により、原子の堆積を特定の領域に制限するために不可欠な完全なシャドウを実現することが困難である。原子が堆積する場所を完全に制御できないため、コンタミネーションの問題が生じたり、精密なパターン化膜の実現が困難になったりする。さらに、レイヤーごとの成長に対する能動的な制御は、スパッタされたイオンや再スパッタされたイオンの役割が管理しやすいパルスレーザー蒸着などの技術に比べ、IBSではより困難である。
4.不純物の混入：
