バイオ燃料の生産は、特に化石燃料と比較した場合、高くつく可能性がある。
欧州では近年、バイオ燃料は化石燃料よりも常に割高である。
バイオ燃料と化石燃料の価格差は、植物油、穀物、使用済み食用油、動物性油脂など、バイオ燃料生産に使用される原料の現在の価格高騰により拡大している。
バイオ燃料の生産コストは、原料コスト、プラント規模、使用技術など、さまざまな要因に左右される。
バイオ燃料の一種である熱分解油は、原料コストを0～100ユーロ/t（0～1.9ユーロ/GJ）と仮定した場合、油1トン当たり75～300ユーロ（4～18ユーロ/GJ）で生産できることが研究で示されている。
バイオ燃料生産の経済分析には、資本コストとキャッシュフロー分析が含まれる。
コストは、生産能力、設備に基づく評価、業者からの見積に基づいて計算することができる。
感度分析と不確実性分析は、原料、労働力、電力、税金、プラントの総運転時間など、様々なパラメータの価格変動に依存する。
さらに、生産コストは、他の供給源や方法で生産された燃料と比較することができる。
損益分岐点をクリアするためには、バイオ燃料製造プラントの収益と総コストは等しくなければならない。
最も安価なバイオマスを使用することで、最も低い損益分岐点を達成することができる。
つまり、より安価な原料を使用することで、バイオ燃料の生産コストを削減することができる。
バイオマスの高速熱分解から製造されるバイオオイルのコストは、使用するバイオマスの種類によって異なる。
例えば、Patel らは、木材チップの高速熱分解から製造されるバイオオイルのコストを 1.09 ドル/L と報告している。
Xinらは、2.23ドル/ガロンのバイオオイルの価格を見積もった。
Liらは、バイオマスのin-situおよびex-situ触媒熱分解のコスト分析を行い、バイオオイルの最低燃料販売価格は、in-situプロセスで1.11ドル/リットル、ex-situプロセスで1.13ドル/リットルであることを明らかにした。
熱分解プロセスに熱統合を導入することで、エネルギー回収が可能になり、光熱費を削減できるため、バイオオイル製造の総コストを削減できる。
さらに、混合原料や安価な触媒を使用することで、運転コストを下げることができる。
大規模な熱分解プラントは、小規模なプラントと比較して、より安価なバイオオイルを生産できる可能性があることも注目に値する。
バイオマス由来のバイオオイルは、水と有機化合物のエマルジョンである。
これらの有機化合物は、化石燃料の代替品としてさらに加工することができる。
トウモロコシの茎葉を高速熱分解でバイオオイルに変換し、大容量の製油所でガソリンやディーゼル燃料に改良するコストは、1ガロン当たり3～4ドルと推定される。
バイオオイルは、工業用木材チップに比べ、取り扱いが容易で貯蔵コストが削減できるという明確な利点がある。
また、多くの市場で燃料油と競争力のある価格となっている。
例えば、2014年、ロッテルダムに納入されたカナダの熱分解油の価格は、1GJあたり約13ドルで、環境クレジットを抜きにしても、ほとんどの市場の暖房用石油の価格（1ガロンあたり～2ドル）に匹敵する。
しかし、熱分解油が燃料油に対して価格優位性を持つには、現在の原油価格が1バレル当たり55ドル以上に上昇する必要がある。
全体として、バイオ燃料生産は高価になり得るが、原料価格、プラント規模、使用技術、プロセスの最適化など、コストに影響を与える様々な要因がある。
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