バイオマスエネルギーが効率的でない主な理由は、そのエネルギー出力が生産に必要なエネルギーよりも小さいこと、変換時に有害なガスが発生すること、維持・運用に高いコストがかかることである。
エネルギー効率の悪さ：
バイオ燃料のようなバイオマス燃料は、その生産と燃焼に、実際に得られるエネルギーよりも多くのエネルギーを必要とすることが多い。これは、バイオマスを利用可能な燃料に加工するために投入されるエネルギーが、生産されるエネルギーを上回ることを意味するため、大きな欠点となる。例えば、バイオマスを栽培し、収穫し、燃料に変換するために必要なエネルギーは、燃料そのものから得られるエネルギーよりも大きい場合がある。このため、エネルギー密度が高く、抽出や精製に必要なエネルギーが少ない化石燃料に比べて、バイオマスは効率が悪い。環境への影響：
バイオマスをエネルギーに変換する際、メタンや二酸化炭素など、地球温暖化の原因となる有害ガスが排出される。さらに、一酸化炭素、窒素酸化物、粒子状汚染物質の排出は、適切に管理されなければ大気汚染やスモッグの原因となる。このような環境への影響は、再生可能エネルギーがもたらすと期待される環境上のメリットの一部を否定するものであり、大きな懸念事項である。
高い運転コスト：
バイオマス発電所の運転には、バイオマス原料の生育と貯蔵のための広大な土地が必要である。そのため、土地の使用やメンテナンスに多額の費用がかかる。バイオマスエネルギー生産を支えるために必要な大規模なインフラはコスト高になる可能性があり、他のエネルギー源と比べて経済的に実行可能性が低くなる。
非効率的な利用と再生不能の可能性：
