微生物検査室では、機器、培地、廃棄物から微生物を確実に除去するために、様々な滅菌方法が採用されている。最も一般的に使用される方法はオートクレーブ滅菌で、加圧蒸気を利用して熱ストレスを与える。その他の方法としては、放射線滅菌、乾熱滅菌、ろ過滅菌、ガス滅菌、蒸気滅菌、液体滅菌などがある。
オートクレーブ：
オートクレーブは微生物学研究室における主要な滅菌手段である。圧力調理器と同様の機能を持ち、圧力下の蒸気を用いて少なくとも121℃まで温度を上昇させる。この高温は、最低15 PSIの圧力と相まって、少なくとも15分間維持され、最も耐熱性の高い微生物でさえ確実に不活化する。オートクレーブは、培地、試薬、機器、バイオハザード廃棄物の滅菌に効果的である。放射線滅菌：
紫外線（UV）またはその他の放射線を用いて微生物を死滅または不活化する方法である。紫外線は特に殺菌に効果的で、実験室では表面や少量の液体の殺菌によく使用される。
乾熱滅菌：
乾熱滅菌は、オーブン内で物品を高温に加熱する。この方法は効果的であるが、オートクレーブに比べて高温（通常160℃以上）と長い暴露時間が必要である。水に濡らすことができない素材や、ガラス器具、金属器具の滅菌に有効である。ろ過による滅菌：
酵素やその他の不安定成分を含む培地や溶液など、熱に弱い液体の滅菌にはろ過が用いられる。細菌、ウイルス、その他の汚染物質の除去には、微生物を捕捉するのに十分な小さな孔径のメンブレンフィルターが使用される。
ガス滅菌：
エチレンオキサイド滅菌は、高温や湿気に耐えられない医療機器に用いられる一般的なガス滅菌法である。この方法では、エチレンオキサイドガスに器具をさらすことになるが、エチレンオキサイドガスは効果的に微生物を死滅させるが、引火性や毒性の可能性があるため、取り扱いには注意が必要である。
