オートクレーブを使わずに滅菌するには、煮沸、化学的滅菌、乾熱滅菌などの方法がある。それぞれの方法には、材料や除去すべき微生物の種類によって、特有の条件と効果がある。
煮沸:水を沸点（100℃）まで加熱し、20分以上浸漬する方法。煮沸は多くの種類の微生物に有効であるが、すべての病原体、特に耐性芽胞には十分でない場合がある。金属製の器具やガラス器具には適しているが、水や高温で損傷する可能性のあるものには適していない。
化学的滅菌:漂白剤、過酸化水素、アルコールなどの化学薬品を使用して微生物を死滅させる。化学的滅菌の効果は、薬剤の濃度、暴露時間、滅菌対象物によって異なる。例えば、10％の漂白剤溶液を30分間浸漬すれば殺菌が可能である。しかしこの方法では、有害な可能性のある残留薬液を除去するために、十分なすすぎ洗いが必要である。
乾熱滅菌:熱風を利用して殺菌する方法。オーブンを使用し、160～170℃で2時間加熱する。乾熱は微生物の細胞成分を酸化させることで作用する。この方法は、ガラス器具、金属器具、一部のプラスチックには適しているが、高温で溶けたり発火したりする可能性のある素材には効果がない。
これらの方法にはそれぞれ限界があり、特定の種類の材料や微生物に適している。材料の特性と汚染の性質に基づいて適切な方法を選択することが極めて重要である。例えば、熱に弱いものには化学滅菌を、金属やガラスのような丈夫な素材には煮沸や乾熱滅菌が適しているかもしれません。
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